Hallo,
um über die Prozessgrenzen zu kommunizieren brauchst du Inter Prozess Communication (IPC). Diese gibt es in verschiedneen Varianten. Welche du nimmst ist dabei von den Anforderungen abhängig. Um einen Windows?-Dienst zu steuern kannst du die Klasse ServiceController verwenden. Innerhalb von .NET ist WCF zu empfehlen. Einen Artikel findest du bei
heise.de.
Wenn du konkretere Antworten willst, solltest eine genauere Beschreibung deines Problems abgeben, ansonsten können wir dir nicht helfen, sondern nur raten und allgemeine Tipps geben.
Gruß Daniel