Habe es jetzt hinbekommen. Habe die __MigrationHistory Tabelle in eine temporäre Tabelle gebackupt. Dann alles aus der __MIgrationHistory gelöscht und mit add-migration eine neue Migration erstellt.
Diese Migration will dann natürlich alle Tabellen neu erstellen. Dann habe ich alle Create Befehle bis auf die betroffene Tabelle gelöscht und die Migration ausgeführt mit update-database.
Dann wieder die __MigrationHistory geleert und aus dem Backup alles wieder zurück in die __MigrationHistory.
Jetzt ist und funktioniert alles wie vorher