Ein Dienst hat nichts auf dem Desktop des Benutzers zu suchen, insofern ist das korrekt, dass es nicht angezeigt wird.
Was du benutzt ist ein sogenannter interaktiver Dienst, den es aus Sicherheitsgründen ab Windows Vista gar nicht mehr gibt (bzw. konkret einen eigenen Desktop hat, so dass auf dem, den der Benutzer sieht, nichts zu sehen ist). Vor Vista gab es interaktive Dienste, sollten aber möglichst nicht genutzt werden.
Heißt:
Mach ein ordentliches Konzept, dann klappt das auch.
Das TrayIcon gehört in ein normales Programm, das nur mit dem Dienst kommuniziert.