Ich (bzw. hauptsächlich ein Kollege von mir) hat zuletzt mit dem WiX Toolset gearbeitet, das kann sowas.
Allerdings würde ich sagen:
Warte die Version 4 ab, das soll sich sich besser in das CLI-Konzept gliedern.
Und ich erhoffe mir auch, dass es besser mit dem SDK-Konzept von Microsoft funktioniert.
Ob das für dich relevant ist, weiß ich allerdings nicht.
Wenn die Projekt-Datei für dich einfach nur etwas ist, was Visual Studio für dich pflegt und Du hast nicht vor, irgendetwas selber zu machen, ist dir das vermutlich egal.
Aber probier's aus