Nun, du erstellst zunächst ein MSI-Setup, mit dem du deine Anwendung unter die Leute bringst. Wenn dann Fehler auftreten, die du per Patch beheben möchtest, dann machst du auf deiner Platte eine Kopie der Originalinstallation, ersetzt dort die Dateien durch neuere Varianten, machst eine Kopie der Original-MSI-Datei und lässt vom MSI-Patcher einen MSP-Patch erzeugen. Als Basis dienen dabei die originale MSI-Datei sowie die Kopie mit evtl. neuen Werten. Die beste Lektüre zum Thema ist immer noch das
MSDN, bzw. wenn du es auf der Platte hast: das PSDK. Mehr muss man nicht wissen.
Außerdem könntest du dich ja mal mit dem
WiX-en vertraut machen.

Dann brauchst du dich nicht mit Orca und den MSI-Tabellen herumärgern.
Aber ich schlage vor, du schaust dir erst mal die einfache Lösung (s. oben) an. Ein Microsoft Installer-Patch erwartet nämlich auch immer ein mit dem MSI installiertes Produkt. Und wenn du die ganze Setuplogik inkl. der Dialoge nicht gerade in der "setup.exe" unterbringst, kann so eine MSI-Datei ganz schön groß werden.