Ob es sinnvoll ist, ist die Entscheidung jedes Einzelnen. Eine absolut sichere Möglichkeit, zwischen zwei Computern zu kommunizieren, ohne das Malware von einem zum anderen gelangen könnte, gibt es meines Erachtens nicht. Doch könnte man z.B. Daten verschlüsseln, Hashes einsetzen, usw, um eine recht gute Sicherheit zu gewährleisten. Aber wo ein Loch ist, da ist auch ein Weg.
Wenn man wirklich Paranoid ist

könnte man auch vor dem Datenaustausch die Internetverbindung kappen, um aktiv fremden Zugriff zu unterbinden.