Ich benutze auch InnoSetup, denn mit InstallShield Express erstellte Setups sind einfach langsamer, aber das ist ja deine Sache...
Wobei ich zugeben muss, dass ISX zwar gewöhnungsbedürftig ist, aber die neue Oberfläche durchaus komfortabel ist. In InnoSetup gibts zwar auch Tools inzwischen, aber eigentlich schreibt man ja ein Script weiter, das vom Wizard grundlegend erstellt wurde. (Aber das reicht ja meistens auch schon.)
Ach so: hier übrigens die offizielle Seite

:
www.jrsoftware.org/isinfo.php
Was ISX angeht musst du die Dateien unter Schritt 2 --> Dateien angeben. Dann noch, falls du verschiedene Setup-Typen hast, eins drunter in die verschiedenen Features packen.
Und unter Schritt 4 --> Dialoge kannst du per CheckBox festlegen, welche Dialoge angezeigt werden sollen (Lizenz, ...).
Aber das wird doch im Wizard auch abgefragt. (Was die Dateien angeht.)