Vergleicht dein Programm binär? Wenn ja, solltest Du das erwähnen
Zum anderen: Ein visueller Vergleich (also z.B. wo in der Datei die unterschiedlichen Bytes gefunden wurden) wäre eine tolle Idee.
Auch wäre es überlegenswert, ob Du Längenänderungen in der Datei mit erkennst (so dass ich auch unterschiedlich lange Files vergleichen kann), da die meisten Änderungen am Inhalt auch eine Längenänderung der Datei bewirken.
Ansonsten: Schau Dir mal
WinMerge an

Das ist mein Favorit in der Hinsicht.
Anyone who is capable of being elected president should on no account be allowed to do the job.
Ich code EdgeMonkey - In dubio pro Setting.