Solange du nur die Features der Freewareversion nutzt, sollte das erlaubt sein, ja.
Ich nutze allerdings auch InnoSetup. Unter anderem weil man es sehr einfach um eigene Formularseiten usw. erweitern kann. Denn da es in Delphi geschrieben ist, kann man dafür auch Delphiquelltext im Skript nutzen.
Wenn du allerdings ein MSI-Setup haben willst (wie deine Wahl ja impliziert), würde ich dir
NSIS empfehlen.
Tools wie den Advanced Installer zu nutzen halte ich für wenig sinnvoll, es sei denn du willst dir die größere Version vielleicht einmal kaufen. Denn wenn es später vielleicht Features, die du brauchst, nicht mehr in der Freewareversion gibt, kannst du nicht mehr eine neue Version nutzen.
Deshalb würde ich mich entweder für Freeware oder für kommerzielle Software entscheiden, aber nicht die kostenlose und eingeschränkte Version eines kommerziellen Systems nehmen.