msdn.microsoft.com/d...8%28v=VS.100%29.aspx
Durch partielle Klassen ist es deutlich einfacher das mehrere Beteiligte an einer Klasse arbeiten, insbesondere wenn einer der Beteiligten keine Person sondern irgendein Stück Software (Custom Tool, VS Designer etc.) ist. Beim Winforms Designer vielleicht nicht gleich ganz augenscheinlich aber wenn du ein Tool hast das seinen partiellen Teil immer aus einem anderen Format komplett neu erstellt (z.B. der ADO.Net Dataset Designer, Der Resourcen Compiler etc.) dann wird dir klar wenn man da was dran stricken will macht man das lieber in einer eigenen partiellen Klasse damit die eigenen Ergänzungen nicht auf einmal weg sind wenn der andere Teil neu erstellt wird.
Da du nach Nachteilen fragst ist der einzige der mir einfällt die Übersichtlichkeit die verloren gehen könnte. Ist aber eher ein Problem wie man partielle Klassen verwendet und kein grundsätzliches Problem der Technik. Wenn man es vernünftig macht kann es aber auch ein Vorteil sein.