Ich kenne das Phänomen auch.
Bisher war es aber immer so, dass das Fenster nur nicht in den Vordergrund kam.
Wurden alle anderen Programme denn beendet? Vor allem solche, die sich regelmäßig selbst aktivieren (Taskamanager, eMail-Programme, AV-Programme, o.ä.)? Die könnten nämlich ungünstig in die Fensterhierarchie eingreifen:
1. Der Wartebildschirm bis zum Setup-Fenster wird angezeigt.
2. Das Fremdprogramm wird aktiv (im Hintergrund).
3. In dieser Zeit soll das Setup-Fenster angezeigt werden.
4. Das Fremdprogramm ist fertig und ruft das Fenster nach vorne, dass bei seiner Aktivierung vorne war.
Nur so eine Idee. Das ganze kann auch von einem Service abhängen, der dir dazwischen funkt. Wie oft liest beim Installieren, dass alle Programme beendet sein sollten.