Wieso muss sich die Anwendung eigentlich beenden. Du könntest es doch zum Beispiel auch so machen, dass du die Settings startest und diese dann die Kindprocesse anwirft und so lange wartet bis sie wieder weg sind. Bei Spielen ist das durchaus nichts außergewöhnliches und sollte deine Anwendung aus unerfindlichen Gründen abstürzen wird dich der Nutzer nicht bis in alle Ewigkeiten hassen.
Selbst wenn du sinnvoll und sicher die Auflösung zum Ende hin zuzücksetzt. Ist dir schon mal in den Sinn gekommen, dass du damit vielleicht mehr ausslössen könntest als nur die Auflösung zu verändern? Windows geht beim Ändern der Auflösung davon aus, dass das so bleibt und sortiert die Desktopsymbole neu. Selbst wenn du die Auflösung wieder zurücksetzt bleiben die Symbole so wie sie hingerückt wurden.
Wenn du allerdings hingegen temporär die Auflösung änderst, dann bleibt Windows friedlich und der Nutzer glücklich. Und es besteht die Chance, dass die Anwendung noch ein zweites Mal gestartet wird. Was durchaus in deinem Interesse sein sollte.

Nur die Menschheit ist arrogant genug, um zu glauben sie sei die einzige intelligente Lebensform im All. Wo nicht mal das nachhaltig bewiesen wurde.