Daher benutze ich von jeher (Win98) für meine persönlichen Dateien den Ordner C:\Dateien, diesen rührt Windows bei der Wiederherstellung (normalerweise) nicht an. Wenn dort was kaputt ist, dann werden eh die fast nicht wiederherstellbaren File001.chk erstellt.
Besser noch, Du lässt beim Windows Start ne Sicherungsbatch laufen, die alle wichtigen Dateien auf eine 2. Festplatte (oder auch zur Not 2. Partition) kopiert, diese wird dann auch nicht vom Windows-System-Wiederherstellungs-sche*** angerührt. (Stichwort: xcopy \%1\*.* d:\_Backup\%1\*.* /m/h/s/y/c)
Ich habe echt sehr schlimme Erfahrungen damit gemacht und Quelltexte verloren, die monatelang gepflegt waren. Daher ist es auch am besten, wenn Windows auf eine eigene Partition installiert ist (z.B. D

und deine normalen Daten auf C:\ (wie man es halt gewohnt ist).
P.S. ich hab da mal ne intelligente Sicherungsbatch erstellt, sie läuft nur einmal am Tage, beim Computerstart wartet sie noch 90 Sek. bis zur Ausführung - falls jemand Interesse hat bitte posten.