So ähnlich habe ich das auch gemacht. Das einfachste ist da denke ich die Daten einfach an die Exe anzuhängen, zusammen mit der Größe und einem Erkennungscode am Ende. Daran erkennst du ob etwas angehängt ist und wie groß der Anhang ist. So hast du die volle Kontrolle darüber und musst dich nicht mit echten Ressourcen und deren Änderung herumschlagen.
Allerdings muss dir klar sein, dass Virenscanner darauf sehr allergisch reagieren. Deshalb ist eine Datenspeicherung in der Exe nur in Ausnahmefällen sinnvoll, nicht für ein normales Programm.