Zuerst mal: Youtube nutzt den Flusch-Bläher zur Video-Wiedergabe, was nur teilweise auf der Grafikkarte arbeitet. Der VLC im Gegenzug schreibt direkt in den Video-Speicher, und nutzt Hardware-Overlays, die bedeutiend schneller sind.
Was du probieren kannst im VLC einzustellen, ist bei der Art des Renderings statt dem DirectX-Default OpenGL oder die anderen angebotenen Rendering-Devices zu nutzen. Beachte aber, dass die ggf. etwas langsamer sind und es damit zu Rucklern kommen kann.
Die meisten Spiele nutzen auch DirectX zur Bildausgabe und können daher beim VLC für Probleme sorgen.
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Ich code EdgeMonkey - In dubio pro Setting.