Bis Windows ME gab es als Kern noch DOS (7.0), da hätte man rein theoretisch ein 16 Bit Dos Programm per Autostart.bat starten können. Ab Windows 2000 kommt der Bootloader und dann Windows. Jetzt überleg dir, was du machen muss...
Richtig, da vor Windows noch kein Betriebssystenm existiert, müsstest du dein eigenes Betriebssystem schreiben, dies mmit einem Bootloasder laden, dein Programm ausführen...und dann wird es interessant, wenn du jetzt Windows lädst, wird dein Programm und dein OS wohl wieder aus dem Speicher gekickt bzw. du wirst kein Zugriff mehr haben.
Kurze Rede, langer Sinn: Lass es.
Was soll das überhaupt werden? Jetzt sag bitte nicht ein eigener Login-Dialog für Windows.