Mantis habe ich aufgesetzt und verwende es auch. Es ist ein recht ausgereiftes System und funktioniert für meine Belange sehr gut. FlySpray habe ich bisher nur aufgesetzt, aber nicht so richtig verwendet, es macht aber einen ziemlich guten Eindruck, auch wenn es bisher noch nicht Version 1.0 erreicht hat. FlySpray gefällt mir von der Bedienung und dem Aussehen her schon mal sehr gut, Mantis sieht eher klassisch aus, bietet dafür aber glaube mehr Analyse- und Kontrollmöglichkeiten.
Jedenfalls sind beide sehr einfach aufzusetzen, BugZilla ist glaube wirklich recht komplex in der Hinsicht.