de.wikipedia.org/wiki/Manchester-Code
Gibt es einen Rückkanal? Ansonsten kannst du einfach nur hoffen das alles ankam. Oder die Daten in Pakete aufteilen und gleich doppelt versenden.
Wenn es einen Rückkanal gibt, der keine Daten sendet dann kannst du den rück-Laser mit ein paar kHz pulsen (Unterscheidung vom Tageslicht). Zuerst wird ein Hashwert von dem kommenden Datenpaket und dann die Daten gesendet. Wenn der Sender dann eine rückantwort erhält und er sicherstellen kann, das diese vom Empfänger kommt (durch das gepulste Laserlicht, siehe IR-Fernbedienung), kann er davon ausgehen das Daten und Hash überein stimmen und das nächste Paket senden. Wenn nicht, sendet er das Paket einfach so lange weiter bis er ein OK für das nächste Paket bekommt.
Wenn der Rückkanal auch Daten senden soll musst du entweder den Takt selbst erzeugen oder einfach einen Hash + ein "OK" zurück schicken.
Schau dir mal den RC-5 Standard für Ferbedienungen an, eventuell wäre das auch geeignet.