Hallo,

ist es irgendwie möglich, das Programm über einen Shortcut zu minimieren, so dass es unsichtbar wird und über einen weiteren Shortcut wieder aufzurufen?

Du könntest dafür verschiedene Parameter an Dein Programm übergeben. Wenn dann einer dieser Parameter übergeben wurde kann Dein Programm der bereits laufenden Instanz eine Message (SendMessage) senden und sich wieder beenden.
Du musst dann nur noch auf die Messages entspr. reagieren.